全体像をまでの近道
ショートリードと反復配列ゲノム領域は、de novo アセンブリの断片化につながることがよくあります。結果を改善し、コンティグから高品質なアセンブリを得るためには、ゲノムフィニッシングと呼ばれる複雑なプロセスが必要です。 QIAGEN CLC Genome Finishing Module は QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium のアドオンで、バイオインフォマティクスに精通していない場合でも、生命科学研究者が利用しやすい迅速かつ簡易なゲノムフィニッシングを実現します。
「QIAGEN CLC Genome Finishing Moduleは、比較的小さいサイズのゲノムのフィニッシング向けに設計されており、微生物や真核生物の寄生虫ゲノムアセンブリに最適です。また、スキャフォールディングやコンティグ配列の結合を行う自動化ツールにより、より大きなゲノムのアセンブルに適した質の高い結果を得ることができます。 植物や動物のゲノムについては、手動で編集することはまだできません。」
Dr. Martin Simonsen,
QIAGEN Aarhus バイオインフォマティクスディレクター、モジュールのユーティリティに関するコメント
高品質なリファレンスゲノムを求めて
ゲノムフィニッシングは多くの作業と時間を要するため、多くの場合、専門チームが担当することになります。QIAGEN CLC Genome Finishing Module を使用すると、専門家でなくても短時間でゲノムアセンブリの構築が可能です。
アセンブリ品質の向上―迅速化と簡易化
Join Contigsを使用した de novo アセンブリの改良。
複数のフィニッシング手法をワンステップで組み合わせることができます。ペアドリードやロングリードデータ（PacBioなど）を使用したコンティグのスキャフォールディングや、コンティグ同士または近縁種ゲノムへの自動アライメントが可能です。
より短時間でリファレンスゲノムをアセンブル。
PacBio の一分子リアルタイムシークエンシングプラットフォームは、短時間でのデータ生成が可能です。データ解析がネックになっているならQIAGEN CLC Genome Finishing Moduleを使用することで、短時間で簡単にPacBioのロングリードデータのエラーを修正して質の高いアセンブリを得ることができます。
システム要件
本製品のシステム要件については、該当する QIAGEN CLC Workbench system requirements システム要件を参照してください。
最新の改良
キアゲンでは、新機能、バグ修正、プラグインなどのアップデートや改善を頻繁にリリースしています。完全な概要ついては 最新の改良ページをご参照ください。
