QIAGENの科学者は、Single Cell Land の各データセットのプロジェクト、サンプル、細胞タイプのメタデータを手作業でキュレートします。これにより、実験の生物学的背景の理解に必要なレベルの詳細な情報が、scRNAシークエンスデータに付加されます。 データセットは、統一されたワークフローを用いて生データから細心の注意を払って再処理され、徹底したQCチェックを受けた後、シングルセルの解像度で70を超える属性がアノテーションされます。 これにより、すべてのプロジェクトで特定の細胞型、組織、遺伝子、年齢、性別、またはその他のキュレートした特性を検索し、関連するデータセットをすばやく見つけることができます。
データの完全性、再現性、比較可能性
OmicSoft Single Cell Land を使用すると、一貫した再現性のある方法で、プロジェクト全体のscRNA-seq データを検索し、比較できます。遺伝子、組織、疾患、細胞型、またはその他の70を超えるメタデータ属性のいずれかのレベルで検索できます。Single Cell Landフレームワークは、プロジェクト間のデータを可視化するために設計されています。これにより、これまで考慮していなかったプロジェクトで潜在的バイオマーカーを探索し、新しい細胞型、病状、発生段階、または実験状態での発現を検出できます。
データとインサイトの使いやすさと可視性
OmicSoft Single Cell Land は、インタラクティブな可視化機能とエクスポート可能な詳細情報により、重要なインサイト抽出に必要なツールと可視化機能を提供します。tSNEまたはUMAPプロット、発現分布プロットまたはバイオリンプロット、セルクラスタープロット、ヒートマップなどを介して、次元削減の結果を見つけられます。 OmicSoft Single Cell Landは、外部ツールとの互換性のために、オープンスタンダードのh5ad形式でのシングルセルデータのエクスポートもサポートしています。